تطبیق لکه‌های پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی بر پایه مدل‌های احتمالاتی

نویسندگان

  • سینا شامخی گروه بیوالکتریک، دانشکده مهندسی پزشکی، دانشگاه صنعتی سهند، تبریز ایران
  • علی گویا دانشکده مهندسی برق و الکترونیک، دانشگاه شفیلد، شفیلد، انگلستان
چکیده مقاله:

تطبیق لکه‌های پروتئینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی (2DGE) یکی از فرآیندهای اصلی در تحلیل این تصاویر است. به‌دلیل چالش‌های موجود در تصاویر 2DGE همچون حضور نویز و آرتیفکت‌، تطبیق لکه‌های پروتئینی تحت نظارت کاربران انجام می‌گیرد که این نظارت موجب ایجاد خطای انسانی می‌گردد. ازاین‌رو در این تحقیق، الگوریتمی جدید و خودکار برای تطبیق لکه‌های پروتئینی، مبتنی بر مدل‌های احتمالاتی ارایه شده است. به‌دلیل پیچیدگی مدل احتمالاتی پیشنهادی، برای حل روابط آن روش بیز وردشی بکارگرفته شده است. عملکرد الگوریتم پیشنهادی به‌کمک معیارهایی آماری بر روی مجموعه تصاویر واقعی و مصنوعی تهیه‌شده در این تحقیق مورد ارزیابی قرار گرفته است. براین اساس، لکه‌های پروتئینی توسط الگوریتم پیشنهادی در تصاویر واقعی با خطای زاویه‌ای 05/0 رادیان و خطای نقطه‌ی پایانی 46/1 پیکسل و در تصاویر مصنوعی با خطای زاویه‌ای 13/0 رادیان و خطای نقطه‌ی پایانی 90/0 پیکسل تطبیق داده شده‌اند. این نتایج نشان‌دهنده دقت و کارآیی بالاتر و خطای تطبیق پایین‌تر الگوریتم پیشنهادی در مقایسه با دیگر روش‌های مورد بررسی می‌باشند.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

توسعه‌ی فیلتری جدید برای استخراج لکّه‌های پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی

الکتروفورز ژل دو بعدی یکی­از روش‌های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین‌های موجود در نمونه­ی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّه­های پروتیینی می­دهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه‌های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت هم­چون شکستگی‌ها، آرتیفکت‌های ن...

متن کامل

آنالیز تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی از نمونه های بیولوژیکی

پروتئومیک در واقع علم جداسازی و تعیین هویت پروتئینها و بررسی میزان حضور آنها در نمونه های بیولوژیکی است. در حال حاضر اساسی ترین تکنیک در جداسازی پروتئینها الکتروفورز ژل دو بعدی است که پروتئین ها را در دو بعد متعامد بر اساس شارژ و جرم مولکولی تفکیک می کند. پس از جدا سازی پروتئینها در صفحات حاوی ژل، این صفحات اسکن شده و تصویر آنها حاصل می شود. دو مجموعه تصویر در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند...

15 صفحه اول

توسعه ی فیلتری جدید برای استخراج لکّه های پروتیینی در تصاویر الکتروفورز ژل دو بعدی

الکتروفورز ژل دو بعدی یکی­از روش های پایه و پرکاربرد در علم پروتئومیک است. درین روش، پروتیین های موجود در نمونه­ی اوّلیه براساس دو ویژگی وزن مولکولی و بار الکتریکی در دو بعد ازهم جدا شده و تصویری از لکّه­های پروتیینی می­دهد. به دلیل تعداد زیاد لکّه های پروتیینی موجود دریک ژل نمونه که نزدیک به هم قرار دارند، پردازش تصاویر فرآیندی پیچیده است. وجود منابع نویز و آرتیفکت هم­چون شکستگی ها، آرتیفکت های ن...

متن کامل

آنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره

سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...

متن کامل

بررسی تغییرات پروتئینی در برگ گیاه Lycopersicon esculentum cv. Isfahani تحت تنش شوری با استفاده از تکنیک الکتروفورز دو بعدی

شوری آب یا خاک، یکی از تنش‌های اصلی است و به خصوص در مناطق خشک و نیمه خشک می‌تواند اثری منفی بر تولید محصول بگذارد. به نظر می‌رسد که گیا‌هان با مکانیسم‌های پیچیده‌ای در سطح کل گیاه، سطح سلولی و یا مولکولی به تنش پاسخ می‌دهند. از جمله این پاسخ‌ها تغییر در پروتئین‌های درگیر در مسیرهای سیگنالی تنش، پروتئین‌های مخصوص سم‌زدایی تنش اکسیداتیو و پروتئین‌های با اعمال غیر مستقیم با تنش هستند. نتایج SDS-P...

متن کامل

آنالیز داده های ژل های الکتروفورز دو بعدی با استفاده از روش های آماری چند متغیره

سابقه و هدف : در سـال های اخیـر تکنولـوژی مـربوط به تـوصــیف لکه های پروتئینی نمایان شده بر ژل های الکتروفورز دو بعدی، توسعه ی قابل ملاحظه ای یافته و نرم افزارهای متعدد آماری آنالیز ژل نیز ایجاد و گسترش یافته است که تأثیر این ابتکارات بر ارتقاء پروتئومیک بسیار چشمگیر است.آنالیز داده های عظیم پروتئومیکی با دارا بودن متغیر های زیاد نیاز به روش های چند متغیره است که امکان آنالیز آماری همزمان چندین...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 12  شماره 4

صفحات  261- 270

تاریخ انتشار 2019-01-21

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023